Η Ε.Μ.Ε.Κ.Α. διοικείται από 7μελές Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο εκλέγεται από τα μέλη της Εταιρείας κάθε 2 χρόνια.
Το Διοικητικό Συμβούλιο της Ε.Μ.Ε.Κ.Α. για την διετία 2025-2027 είναι το εξής:
Πρόεδρος
Αντιπρόεδρος Α΄
Αντιπρόεδρος Β΄
Γενικός Γραμματέας
Ειδικός Γραμματέας
Έφορος Δημοσίων Σχέσεων
Ταμίας